子宫内膜异位症是子宫外还存在着子宫内膜腺体和组织。巧克力囊肿是与子宫内膜异位症相关的一种特殊类型的卵巢囊肿。所谓的“巧克力囊肿”其实也是子宫内膜异位症的一种，这些是由子宫内膜组织形成的卵巢中的囊肿。之所以称为巧克力囊肿，主要因为其物理外观，因为这些生长物通常由干燥的血液组成，使其外观呈棕色。当子宫内膜组织在卵巢中生长时，就会形成巧克力囊肿。巧克力囊肿通常充满陈旧的、深色的、红褐色、泥褐色的血液。

巧克力囊肿的直径可以在0.5到8英寸（1.5-20厘米）之间变化，正常情况下，不必担心起存在。然而，如果它们破裂，它们的内容物会溢出到卵巢和盆腔，这可能会引起疼痛，并且还会导致骨盆中的某些器官结合在一起。如果输卵管和卵巢发生这种情况，可能会导致不孕。巧克力囊肿影响生育期的女性，并可能导致与月经期相关的慢性盆腔疼痛（月经痉挛、子宫内膜异位症）。
 
巧克力囊肿一般从表面病变开始，这个过程变成侵入性的并且子宫内膜异位病变内化到卵巢组织中。一旦月经在卵巢的子宫内膜异位症部位，就会形成充满巧克力色液体的巧克力囊肿。实际上，它是一个囊肿，代表封闭区域（卵巢内部）长时间周期性月经产生的碎片。通常情况下，巧克力囊肿和正常卵巢在囊壁和正常的相邻卵巢组织之间存在界限分明的分离。但是严重的巧克力囊肿甚至完全侵占了正常卵巢，有一些记录像棒球或葡萄柚一样大。

每月，当释放激素信号准备子宫接受受精卵时，子宫内膜会变厚，为受精卵准备温暖舒适的“床”。当没有怀孕时，内膜会以月经周期的形式脱落。另一种激素释放表明内膜脱落，通过肌肉收缩有效地从身体中释放出来。而当内膜在子宫外生长时，这种脱落是不可能的，不能脱落，但是每个月还是会照常变厚，这就导致内膜积聚，从而发生囊肿子宫内膜异位症。

巧克力囊肿最典型的症状是月经期疼痛，通常在几天前开始，然后持续整个经期。有些人还会伴有性交疼痛，并在性交后持续数小时。此外，巧克力囊肿还容易造成不孕症，因为卵子从卵巢到输卵管的通道可能被阻塞。
 
如果出现以上症状，最好到医院及时诊断，巧克力囊肿可以通过X射线或经阴道超声诊断。如果血液测试CA125呈阳性也可能表明存在巧克力囊肿，不过卵巢癌检查这一项也会给出阳性结果，所以要注意区分。

目前对于巧克力囊肿的治疗，以手术切除囊肿为主。在大多数情况下，巧克力囊肿可以在腹腔镜检查中使用小切口和棒状工具切除，这样可以最大限度地减少切口尺寸。但是在囊肿非常大的情况下，可能会要切除整个卵巢。