医院始建于1976年，前身为温州医学院白求恩门诊部，1982年成立温州医学院附属第二医院。1988年兼挂温州医学院附属儿童医院牌子。1991年在台胞何朝育先生捐助下，新建儿童医院大楼，同时将儿童医院更名为温州医学院附属育英儿童医院。2004年增挂浙江省立育英医院。2005年兼并温州心血管病医院。2009年4月设立“附二医骨科医院”和“附二医妇产医院”两个院中院。目前设鹿城院区（学院路部、南浦部）、龙湾院区（总部，含实验中心、康复中心）、瓯江口院区等多院区。其中，17万平方米的龙湾院区、16万平方米的瓯江口院区将在1-2年内陆续开业。

医院现设学科（系）14个，科室（教研室）89个，亚专科186个，专科门诊130多个，实际开放床位2667张。现有职工4637人，其中，高级职称615人，硕士1096人，博士200人，研究生导师180人。享受政府特殊津贴4人；国家“万人计划”1人；国家“千人计划”3人；浙江省“千人计划”10人；浙江省万人计划中青年创新领军人才1人；浙江省高层次创新人才5人；浙江省“151人才工程”34人；浙江省医坛新秀7人；浙江省钱江人才计划项目7人；全国名中医1人，浙江省名中医4人。

现拥有1个国家临床重点专科、1个国家中医药管理局重点建设专科；省重中之重临床医学一级学科4个专业方向、2个省高等学校重点扶植学科和重点专科、1个省高校创新团队、12个省医学重点学科、8个省中医药重点学科和专科；2个省重点实验室、5个市重点实验室；5个市重点科技创新团队；19个校级研究院所。获国家科技进步奖二等奖1项。在2018中国医院科技量值排名中，我院及18个学科进百强，其中，儿科学位列16名，变态反应学、整形外科学位列22名，骨外科学位列26名。

作为温州医科大学第二临床学院，拥有4个一级学科博士点、12个一级学科硕士点，是温州医科大学本科和硕士临床医学专业来华留学生实习基地，形成了本科、硕士、博士、博士后、毕业后教育、留学生教育全方位、多层次的人才培养体系。特别是在住院医师规范化培训方面，目前拥有住院医师规范化培训专业基地21个，形成了以“分层渐进、螺旋上升、顶岗负责、强化督导”为特点的“温医二院住培模式”，在国内推广运用。麻醉学科在省内最先试行住院医师规范化培训与专业学位研究生并轨培养、四证合一培养模式，为全省铺开此项工作提供必要的经验。儿科、麻醉科成为温州医科大学规培示范专业基地。