医院创建于1961年，前身为浙江中医学院门诊部，时为浙江中医学院唯一的临床教学基地，被中医界誉为“浙江省名中医的摇篮”。2003年，门诊部与原浙江中医学院针推系“院系合一”，成立浙江中医学院针灸推拿医院，并于2006年随大学升格更名为浙江中医药大学附属第三医院。2008年底，医院与原浙江省邮电职工医院合并重组，转型为综合性中医医院。2009年，加冠浙江省中山医院。

医院现有职工1057人，高级职称132人，其中卫生部和浙江省有突出贡献中青年专家1人、中医药高等学校教学名师1人、浙江省卫生领军人才1人、全国老中医药专家学术经验继承指导老师6人、浙江省名中医4人、浙江省杰出青年基金获得者1人、浙江省卫生创新人才1人、浙江省151人才9人。此外，医院还拥有核磁共振（MRI）、64排螺旋CT、DSA、PCR仪、全自动生化分析仪、彩色超声诊断系统等大型现代化医疗设备，为医教研协调发展提供了坚实的基础。

医院坚持“中医为本、西医为用、差异化发展”的办院理念，保持和发展中医特色，积极追踪现代医学治疗手段，形成了50个特色鲜明、疗效明显的专科专病专技群，其中国家临床重点专科3个，国家中医药重点专科5个，中风病、面痛症、肩凝症、髋关节功能障碍、腰椎间盘突出症、胸椎错缝、眩晕病、冠心病、慢阻肺、不孕不育、甲乳疾病、恶性肿瘤等多个优势病种的疗效达到全国先进水平。依托浙江名中医馆的名中医优势，积极开展名老中医学术思想、临证经验、独有技术的传承与创新，设立我省首个经方医学研究会，拥有陈木扇女科全国流派传承工作室和5个全国名老中医传承工作室。医院积极探索多学科联合诊疗模式，获批成立浙江省椎间盘诊疗中心，并被国家中医药管理局列为中医诊疗模式创新试点单位。以中医护理为特色的护理团队也在全省颇有影响力。

医院坚持“中医为本、西医为用、差异化发展”的办院理念，保持和发展中医特色，积极追踪现代医学治疗手段，形成了50个特色鲜明、疗效明显的专科专病专技群，其中国家临床重点专科3个，国家中医药重点专科5个，中风病、面痛症、肩凝症、髋关节功能障碍、腰椎间盘突出症、胸椎错缝、眩晕病、冠心病、慢阻肺、不孕不育、甲乳疾病、恶性肿瘤等多个优势病种的疗效达到全国先进水平。依托浙江名中医馆的名中医优势，积极开展名老中医学术思想、临证经验、独有技术的传承与创新，设立我省首个经方医学研究会，拥有陈木扇女科全国流派传承工作室和5个全国名老中医传承工作室。医院积极探索多学科联合诊疗模式，获批成立浙江省椎间盘诊疗中心，并被国家中医药管理局列为中医诊疗模式创新试点单位。以中医护理为特色的护理团队也在全省颇有影响力。