医院始建于1935年5月福州成立的福建省立福州产育院，1938年抗日战争时期迁到沙县西门，建立临时诊所先后称福建省立高级助产职业学校附属医院、福建省立产院。1945年抗战胜利后回迁福州市乌山路先后改称福建省妇婴保健院、福州市平民产院。新中国建立后1951年3月成立福建省妇幼保健院。在“文化大革命”期间从专科性妇幼保健院转为综合性医院，1970年4月从省属下放福州市称福州市第三医院，1973年3月收回归省属改为福建省妇幼保健院。1979年省妇幼卫生计划生育工作队改组为福建省妇幼保健指导所，挂靠省妇幼保健院。1991年3月福建省妇幼保健指导所并入医院设立保健部。1996年通过卫生部评审成为全国首家三级甲等妇幼保健院，2003年经福建省卫生厅批准增加“福建省妇儿医院”第二称谓。

福建省妇幼保健院遵循“以保健为中心、以保障生殖健康为目的、实行保健与临床相结合、面向群体、面向基层和预防为主”的工作方针，担负全省妇女儿童保健技术业务指导和妇女儿童常见病、多发病及疑难病症的诊治、教学、科研工作。

保健部下设4个业务科室和17个二级业务门诊，以福建省妇女、儿童发展纲要为指导，作为全省妇幼保健业务指导中心，通过妇幼保健项目的实施，加强保健工作，规范产、儿科技术，开展基层妇幼卫生技术指导，降低孕产妇死亡率和婴儿死亡率，为广大妇女儿童提供优质的医疗保健服务。

八个福建省省级中心挂靠医院开展工作。福建省新生儿疾病筛查中心、福建省新生儿救护中心依托全省建立的新生儿疾病筛查和救护体系，负责全省范围新生儿疾病防治和救护工作；福建省宫颈疾病诊治保健中心开展子宫颈癌的预防及癌前病变规范化诊断与治疗工作，为国家卫生部十年百项PCC项目示范基地。福建省儿童救护中心负责全省儿科诊疗技术培训及全省儿科危重症的救护工作。福建省生殖健康中心于2003年通过国家卫生部专家组评审，成为省内首家获准开展辅助生殖技术的医疗机构，开展辅助生殖健康领域的临床、科研、培训工作，1999年1月5日我省首例双胞胎试管婴儿诞生，填补省内生殖医学空白；福建省产前诊断中心于2009年5月通过卫生部专家组评审，开展胎儿先天性缺陷和遗传性疾病诊断及相应的筛查工作，遗传疾病、优生优育的方面研究处于省内领先水平；福建省儿童保健示范中心建设项目于2013年8月正式启动，开展全省儿童保健服务技术标准化、规范化工作。福建省妇女保健示范中心于2016年12月通过验收，开展妇女全生命周期保健工作，探索我省妇女保健服务模式创新和水平提升。在福建省卫生计生委高水平临床医学中心建设规划中，医院负责承建福建省儿童医学中心和福建省生殖医学中心。

福建省医学会妇产科学分会、儿科学分会、围产医学分会、计划生育学分会、生殖医学分会、福建省预防医学会妇幼保健专业委员会、福建省预防医学会出生缺陷与控制委员会、福建省优生优育与妇幼保健协会儿童早期发展专业委员会、福建省护理学会妇产科专业委员会、福建省护理学会妇产科专业委员会、福建省卫生信息协会信息技术分会挂靠医院开展工作。医院是福建医科大学非直属附属医院，承担福建医科大学、福建中医药大学、莆田学院、福建卫生职业技术学院、漳州卫生职业技术学院等医学院校的专业理论教学和见、实习任务，同时承担基层妇幼保健人员的进修培养工作。医院设有6个硕士点，1个博士点，承担国内外研究生的培养和实习任务。近五年我院在科研课题、成果中也不断取得突破，全院共获得院外立项课题101项。其中国家级5项，省部级项目41项，厅市级项目55项，共获资助经费1772.721万元。获得科技奖24项，其中省部级10项，厅市级14项。

医院以诚信、奉献、求实、创新的精神开拓进取，曾先后获得“全国创建文明行业工作先进单位”“全国卫生系统先进集体”“全国妇幼卫生工作先进单位”“全国卫生文化建设先进单位”“全国计划生育科学技术先进集体”“全国模范职工之家”“全国女职工组织先进集体”“全国维护妇女儿童权益先进集体”等国家级和省部级荣誉称号，同时被省委、省政府授予“创文明单位建满意窗口先进单位”“福建省三八红旗集体”“福建省五一劳动奖状”等多项荣誉称号。