医院源于1946年，曾用名“宝安县卫生院”、“宝安县人民政府卫生院”、“南头卫生院”、“南头公社中心卫生院”、“南头地段卫生院”、“南头区人民医院”，1992年改现名“深圳市南山区人民医院”，2004年增名为“深圳市第六人民医院”。2009年9月，挂牌“华中科技大学协和深圳医院”。2012年12月，成为广东医学院非直属临床医学院。

我院占地面积5.44万平方米，总建筑面积10.16万平方米，编制总床位900张，开放床位近1200张，服务人口170万。南山区政府已立项改扩建工程，医院已向发改局申报16亿元，新建19.60万平方米的门急诊医技楼、外科大楼及科教综合楼，届时医院占地面积将达8.3万平方米（含荔香中学近3万平方米用地）医院总建筑面积达到28.20万 平方米，床位数2200张，地下停车场有车位1700个，并与地铁站负一层连通。

我院设有内、外、妇、儿、疼痛、中医、全科、护理、康复、口腔、耳鼻喉及急重症医学等11个教研室。目前已有硕士研究生导师29人，先后培养了硕士研究生139人；已连续11年完成大学本科理论授课，培养本、专科实习生2800余人。2004年我院与广东医学院签订协议，成为广东省医学院非直属附属医院，2012年升格为广东医学院南山临床医学院。

医院加强与国内外的学术交流，举办各级继续教育项目40多项。我院建有中心实验室、疼痛实验室、耳鼻咽喉科解剖实验室、疼痛医生尸体操作培训室等，配备了免疫学检测仪器、基因扩增及分析设备、细胞培养设备、蛋白质分析仪、流式细胞仪等多项高端设备，可开展外周血单核细胞分离技术、间接免疫荧光技术、酶联免疫吸附测定技术、基因扩增与分析、单克隆抗体培养、PCR技术等多项临床与基础研究。

近三年我院已获得国家自然科学基金6项，省级科研基金3项，厅局级科研基金13项，市级科研基金79项，区级科研基金99项、学术论文发表数及质量稳步提高，其中近三年被SCI收录的学术论文达42篇。

长期以来，为持续提升医疗技术和服务水平，在南山区委、区政府大力推动和支持下，医院历届领导班子均注重对外交流与合作。2009年9月，我院与华中科技大学协和医院正式签署技术合作协议，在医教研管各方面建立了紧密合作关系。根据协议，协和医院常年派驻8-10名专家驻点南山，为深圳市民提供近在咫尺的国内一流医疗服务。三年多来，两院合作亮点突出，成绩斐然，成功实现了晋级广东省“三级甲等医院”里程碑式的跨越。

我院还利用地域优势，与香港中文大学紧密合作，建立耳鼻喉合作项目、心理治疗中心、显微及内窥镜技术实验室；与四川大学华西医院结成姊妹医院关系，开通华西医院在南山医院的远程教学和远程会诊中心。

我院是国家卫生计生委临床路径管理试点单位，建立了一整套管理制度、工作模式、运行机制以及质量评估和持续改进体系，有力促进了管理效能、患者满意度、医疗质量的大幅提升。2007-2012年，我院在深圳市医疗服务整体管理与质量控制评估中总分均为区属中心医院第一名，2010年因通过三级甲等医院评审获得免检殊荣。

作为深圳西部中心区域唯一一家大型综合性医院，我院承担并出色地完成了大量突发公共卫生事件的医疗救治工作及政府各项指令性任务。如派遣医务人员参加援疆医疗队开展卫生对口支援、汶川地震抢险救灾、防治甲型H1N1流感、婴幼儿结石筛查、手足口病防治、雪灾期间的医疗保健、摩托艇大赛期间的医疗保障、2011年大运会主会场的定点医疗保障服务等，获得了良好的社会声誉。

深圳市是国家卫生计生委指定的全国17个公立医院改革试点城市之一，重点试点社区卫生服务院办院管和法人治理结构两个主题。目前，我院所属26家社康中心形成了“院办院管、双向转诊、联网运营”的服务模式，提升了基层医疗服务能力和水平。2009年我院成立理事会，每年定期召开会议，在法人治理结构方面做出了积极、有益的探索。

2013年初，新一届领导班子上任伊始，即决定紧跟新医改步伐，将该年确定为创建国家三级甲等综合医院暨规范执行年，以国家三级甲等综合医院、高等医学院校附属医院和临床学院标准建设医院；调整学科结构，转变发展方式，加强医院管理，优化服务流程，改善就医体验，遏制医疗费用的不合理增长；继续以协南合作为契机，加强内涵建设，注重学科发展，规范医疗行为，提高医疗质量，保障医院安全，促进医院临床、科研和教学工作的全面、协调和可持续发展；通过质量建设、人才建设、行风建设和文化建设，提升医院的核心竞争力，将医院打造成与深圳经济社会发展水平相适应的、人民满意的国家三级甲等综合医院。