学校前身是1926年创办于上海的私立东南医科大学，1930年更名为东南医学院，1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”号召，内迁安徽怀远，成为安徽省第一所高等医科院校。1952年迁址合肥，改名为安徽医学院。1985年更名为安徽医科大学。

学校将现代著名教育家蔡元培先生的题词“好学力行，造就良医”确立为校训，将“厚德至善，博学济世”确立为校风，弘扬“爱国爱民，献身人类健康”的光荣传统，秉承“兴国、奉献、仁爱”的育人理念，倡导践行“崇教、乐教、善教”教风和“求真、求精、求新”学风，致力于建设高水平医科大学。

学校现有梅山路校区、翡翠路校区、东校区（在建）、巢湖校区、阜阳校区等5个校（院）区，校园占地面积2086亩。有直属教学机构16个，直属附属医院6所，非直属附属医院9所。

现有在校全日制普通本科生12883 人，全日制研究生4130人，留学生434人，继续教育学生17091人。在职教职医护员工（含直属附院）11532人，其中正高395人，副高1052人。校本部教职工1276人，专任教师717人，专任教师队伍中具有博士、硕士学位的教师占92%，其中正高职称123人，副高职称293人。

学校以医学为主，医学、理学、工学、管理学、法学等学科协调发展。设有临床医学（“5+3”一体化）等33个本科专业。拥有临床医学、药学、基础医学、公共卫生与预防医学4个博士学位授权一级学科点，35个博士学位授权二级学科点；有13个硕士学位授权一级学科点，63个硕士学位授权二级学科点；拥有1个博士专业学位授予权学科，9个硕士专业学位授予权学科。临床医学、药理学和毒理学、分子生物学与遗传学、生物与生物化学学科4个学科进入ESI全球排名前1%。

学校建有药学、临床医学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站。拥有1个国家重点学科，2个国家中医药重点学科，14个国家临床重点专科建设项目，3个省级学科建设重大项目，18个省级重点学科，25个安徽省临床重点专科。临床医学、药理与毒理学、公共卫生与预防医学、药学、生物学等5个学科获安徽省属公办普通本科高校一流学科奖补资金项目。建有3个教育部重点实验室，1个国家卫生健康委员会重点实验室，32个省部级实验室。有1个教育部科技创新团队，2个安徽省科技创新团队，3个安徽省“115”产业创新团队，3个安徽省高校科研创新平台团队，1个安徽省高校智库。

国家自然科学基金立项数连续15年保持省属高校领先地位。研究成果分别入选2010、2014年度中国科学十大进展和2012年度中国高校科技十大进展。获国家科技进步二等奖1项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖一等奖1项、中国青年科技奖2项、中华医学科技奖一等奖4项,安徽省自然科学奖一等奖4项、二等奖5项。先后在《细胞》《新英格兰医学杂志》《自然遗传》等国际著名SCI刊物发表多篇高水平论文。

学校跻身国家“中西部高校基础能力提升工程”，是国家级大学生创新创业训练计划承担高校。有4个国家级高校特色专业建设点，2个国家级专业综合改革试点，3个国家级卓越医生教育培养计划项目，1个国家级教学团队，2门国家级精品课程和2门国家级精品资源共享课，2个国家级实验教学示范中心，1个国家级虚拟仿真实验教学中心，2个国家级示范性虚拟仿真实验教学项目。1门课程入选教育部来华留学英语授课品牌课程。获得国家级教学成果二等奖1项。

有35人次在国际学术组织和SCI源期刊任职。7人担任国家级专科学会主委，12人入选教育部高校医药学科教学指导委员会专家。8人次担任国家卫健委“十三五”规划教材主编。10余人获得全国、全省模范教师、优秀教师称号。
学校编辑出版的具有CN刊号的医学学术期刊有《安徽医科大学学报》《中国药理学通报》《临床与实验病理学杂志》《中华疾病控制杂志》等12种，其中CSCD核心期刊3种，北大核心期刊4种。

校图书馆藏书136万册，是全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆，为安徽省高校数字图书馆医学分中心、教育部科技查新工作站。

学校坚持开放、合作、共赢的方针，与军事医学科学院、清华大学、中科院合肥物质研究院、香港大学等建立战略合作伙伴关系，与北京航空航天大学合作开展医工交叉创新研究，积极发展“新医科”。目前临床学院达50余所，实践教学基地90余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东、福建、新疆等省（市、自治区）。

学校同美国、德国、英国、俄罗斯、澳大利亚、加拿大、意大利、日本、西班牙、瑞典、马来西亚、加纳、埃塞俄比亚、韩国以及台湾地区、香港地区等16个国家和地区的高等院校广泛开展合作交流与合作办学，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展人才培养和科研合作。

面向未来，安徽医科大学始终把人才培养、科学研究、社会服务、文化传承创新、国际交流合作贯穿到办学兴校、立德树人的全过程，努力实现建设高水平医科大学的大担当、培育百千万良医的大责任和服务人民群众的大情怀的“安医大发展之梦”，到建校一百年时（2026年），成为走在全国同类高校前列的高水平医科大学，到内迁一百年时（2049年），成为国内一流、国际知名的高水平医科大学。