牙医周汝川博士鉴于战后台湾的牙医师人才奇缺，遂于1960年创设该校，初创之时只有牙科，名为中山牙科专科学校，简称中山牙专。1962年5月设医科为中山医学专科学校，简称中山医专，其后再增设护理科与医事技术科。牙科、医科、护理科招收高中毕业生，牙科修业初为四年后延长为五年，医科修业先为四年后延长为五年乃至六年，护理科修业为三年均属三专学历，医技科招收初中毕业生修业五年，属于五专学历。

在1977年4月获准昇格为学院，改名为中山医学院。2001年7月教育部审核通过，正式改制为中山医学大学，同年8月附设医院也奉准改制更名为“中山医学大学附设医院”。

目前有医学院、口腔医学院、健康管理学院及医学科技学院等四个学院，共有二十一个医学相关科系、十八个研究所，其中七个科系有博士班。

中山医大学生总数达7385人，于医学大学中排名第二，仅次于中国医大7410人（高医大6896人，北医大5840人，阳明大学4084人，慈济大学3389人）