香港浸信会医院成立于1963年。承邵逸夫爵士捐款兴建“邵黄美珍楼”，于1987年开幕启用，在内包括放射治疗部，于2000年易名为“癌症治疗中心”，2004年再易名为“肿瘤中心”。

1968年浸会医院成功为三名香港人士进行角膜移植手术。2004年1月成立全新眼科中心及激光矫视中心，加强眼科服务。浸会医院设有心脏专科服务，1998年心脏中心成立，添置新型仪器，包括先进的心血管造影系统，为市民提供心脏专科检查、诊断及治疗。1993年新设皮肤激光服务，更于2004年成立皮肤激光中心。2005年开设的皮肤中心将设有更全面的皮肤科服务。放射诊断部于1977年首次购入电脑X光扫描机，其后再增设电脑扫描，及成立新诊断中心，1990年设立磁力共振扫描中心，1993年成立结石治疗中心，及2002年引入专为诊断癌症病人而设的正电子及电脑双融扫描。

区树洪健康中心大楼承区树洪先生捐款兴建，于1983年开幕启用，内设长者服务、复康服务、幼儿服务、医疗服务、辅助医疗服务及膳食服务。区树洪健康中心新大楼于2007年初落成启用。

而位于联合道的新D座大楼，则于2008年4月17日开幕。新D座大楼共12层高，提供超过10万平方呎空间及109张的病床。大楼增设全新的泌尿及腔内微创泌尿外科中心和上消化道外科中心，并将现有的微创外科及大肠外科中心、肠胃及肝脏内科中心及心脏中心搬迁到此。

新D座大楼启用后，浸会医院正计划将新大楼旁的华都大厦重建为10层高、另加两层地库的新E座大楼，已于2015年竣工。