1979年伴随深圳经济特区成立更名为深圳市人民医院。1994年被评为深圳首家“三级甲等”医院，1996年经国务院侨办批准成为暨南大学医学院第二附属医院，2005年升格为暨南大学第二临床医学院。现已发展成为一个功能齐全、设备先进、人才结构合理、技术力量雄厚，集医疗、科研、教学、住院医师规培、保健为一体的深圳市最大的现代化综合性医院。

医院拥有国家住院医师规范化培训基地及国家全科医师技能培训中心；作为暨南大学第二临床医学院、暨南大学第二临床医学院博士后创新实践基地。医院呼吸与危重症医学科经过严格遴选成为国家首批、广东省广州市外唯一的国家专培基地。2015年成立了深圳市人民医院转化医学协同创新中心，将整合所有重点实验室、医学工程中心（平台）和博士后教育基地，解决应用不连贯的问题，建设统一的免疫生化、分子生物、基因检测和动物模型建设的基础实验室，同时因应各专科需求增设特异功能装备，并以此作为我院的主要科研基地，进行医院重大临床研究和临床技术研究。2017年获国家科技进步奖二等奖一项，包揽了“深圳市第一届住院医师规范化培训临床技能竞赛”团队一等奖、二等奖及全部单项奖冠军。医院现有内科学、外科学、妇产科学、儿科学等16个教研室。目前有博士生导师13名，硕士生导师85名。现已招收硕士生730余名、博士生40余名，本科生260余名。每年招收临床实习生近130余名，进修生 120余名。

多年来，医院不断选送有培养前途和发展潜力的专业技术骨干前往美国耶鲁大学、加州大学、斯坦福大学、纽约长老会哥伦比亚与康奈尔大学医院、迈阿密大学医学院、宾州大学医学院、哈佛大学医学院（ 附属麻省总医院、贝丝以色列女执事医学中心）、休斯顿卫理公会全球健康服务中心，德国雷根斯堡大学医院、英国桑德兰大学、比利时布鲁塞尔大学、澳大利亚科廷大学、加拿大SFU大学、新加坡国立大学医院、香港中文大学威尔士亲王医院、香港大学玛丽医院等国际知名学府进修学习，掌握本专业的新知识、新技能、新动态，全方位加深对医学科学的认识和了解，莘莘学子在国际医学领域中锤炼成长。

医院积极开展高层次、国际性的交流与合作，先后与德国纽伦堡大学医学院、不莱梅港中心医院、英国伦敦大学、加拿大西大略大学器官移植中心、美国休斯敦卫理公会医院、法国里尔大学医疗中心、韩国全南大学校病院、韩国大田宣医院建立起长期合作与交流平台，缔结友好医院，与国际医学大舞台进一步交融。国内交流与合作：医院与广州呼吸疾病研究所钟南山院士呼吸内科团队、解放军总医院陈香美院士肾内科团队、解放军总医院张旭教授泌尿外科团队、中国医科大学附属第一医院徐克教授介入科团队、北京大学第一医院霍勇教授心内科团队、四川大学华西医院刘进教授麻醉科团队、北京大学第一医院丁炎明教授护理团队、苏州大学附属第一医院江苏省血液病研究所阮长耿院士血液内科团队、复旦大学附属华山医院顾玉东院士手外科团队、首都医科大学北京医学中心耳鼻咽喉医院韩德民院士耳鼻咽喉团队、山东大学齐鲁医院张运院士超声心动图团队、Robert Malenka院士脑认知科学团队、北京协和医院曾小峰教授风湿免疫团队、伦敦大学学院加里罗伊尔教授肿瘤学团队、美国西北大学Seema Khan教授及约翰霍普金斯教授乳腺外科团队等共22家知名学科团队签订“三名工程”合作协议，加大了引才的力度，为医院带来了前所未有的发展机遇，医院的综合竞争力大大提高。